Der Fachunterricht wird in der Klassenstufe 5/6 erteilt und umfasst die Fächer Gesellschaftswissenschaften und Naturwissenschaften.
Im Fach Naturwissenschaften, NaWi, werden Grundlagen für die Schulfächer Biologie, Physik und Chemie an der Oberschule gelegt. Dabei wird keine strikte Trennung der drei Wissenschaften vorgenommen, sondern es wird versucht, Phänomene der Alltagswelt der Kinder mit Hilfe der Erkenntnisse aus den drei Wissenschaften übergreifend zu beschreiben und zu erklären. Methodisch steht dabei das Experimentieren im Vordergrund. Der NaWi-Unterricht wird in einem Fachraum erteilt.
Im Fach Gesellschaftswissenschaften, GeWi, werden die Grundlagen für die Schulfächer Geographie und Geschichte gelegt. Ähnlich wie beim NaWi-Unterricht wird Geschichte, Geographie und Politikunterricht gekoppelt.
Zum Fachunterricht zählen außerdem in den Klassen 1-4 Deutsch, Mathe, Englisch, Sport, Musik und Kunst. Für die Fächer Kunst und Musik gibt es an der Mendel-Grundschule ebenfalls einen eigenen Fachraum.